조세정책, 조세법, 세무회계 등 세 가지의 전공과정을 두도록 하고 있으며, 이들 세 분야에 걸쳐 한결같이 국내 최고 수준을 유지함은 물론 국제적으로도 손색없는, 이론과 실무를 겸비하는 전문인력을 양성할 것을 목표를 삼는다.
세무전문대학원은 교육인적자원부의 전문대학원 육성시책에 따라 최초로 인가된 국내 유일의 세무관련 전문대학원으로 2000년 3월 1일에 개원하였다. 현재 2년제의 석사학위과정과 2년제의 박사학위과정이 개설되어 있으며 향후 4년제의 석·박사학위 통합과정을 동시에 운영할 계획이다. 본 대학원에서는 석사와 박사학위과정에서 각각 전문학위와 학술학위를 수여한다. 전문학위 과정에서는 전문가로서의 능력을 최대로 향상시킬 수 있는 기회를 부여하고 이를 통하여 최고 수준의 세무전문가를 양성하는 것을 목표로 한다. 학술학위과정에서는 세무분야와 관련된 연구능력과 강의능력을 향상시켜 세무분야의 탁월한 연구자 혹은 교수를 배출하는 것을 목표로 한다.
본 대학원은 조세정책, 조세법, 세무회계 등의 3개 전공과정이 있다. 본 대학원은 이들 세 분야에 걸쳐 국내 최고 수준은 물론 국제적으로 손색없는 이론과 실무를 겸비한 세무분야의 전문인력을 양성할 수 있는 교수진 및 교과과정을 갖추고 있다. 본 대학원의 입학생들은 다양한 전공분야 중 하나 이상의 분야를 자율적으로 선택하여 공부할 수 있으며 각자가 선택한 분야에서 탁월한 실무전문가, 연구자, 교수로서의 자질을 연마하게 된다.
